【ご質問】
「全てのアプレットの再同期を強制する。」と設定する事で、
コントロールパネルで 「注」として書かれている内容以外に何か弊害はありますか。 

【回答】   
特にありません。

詳細は、Curl開発者ガイドの
[コンテンツの構成要素]-[キャッシュと同期]
の項をご参照ください。